Материковая часть Гондураса, несмотря на свои относительно небольшие размеры, имеет четыре довольно отличные природно-географические области: внутренняя горная местность, Ла-Москитиа, карибское побережье и низменный район около залива Фонсека.
Несмотря на свои относительно небольшие размеры и невысокий уровень жизни населения, правительство Гондураса уделяет большое внимание сохранению естественной природной среды. Даже в самых густонаселенных районах страны можно найти природоохранные зоны, многие из которых работают в очень непростых условиях, однако поддерживают существование уникальных местных экоценозов.
