Рекомендуется профилактика против тифа, гепатита B и Е, трахомы и менингококкового менингита. Риск заражения малярией, исключительно в мягкой форме (P. vivax), существует с июня по октябрь в районе Термеза. Следует принимать повышенные меры безопасности против холеры, дизентерии, а также кожных заболеваний и бешенства.
Страна имеет обширную сеть общественных больниц и частных здравоохранительных учреждений. В сельских районах развернута достаточно разветвленная сеть медпунктов и мобильных клиник, однако их ресурсы явно ограничены. Ощущается некоторый дефицит основных медпрепаратов, поэтому в случае наличия хронических заболеваний все необходимые препараты следует брать с собой. Услуги государственных клиник бесплатны, но общенациональной системы медицинского страхования нет. Во многих поликлиниках и больницах за лечение и лекарства придется заплатить.
