Южный Судан почти целиком лежит в пределах обширной болотистой области Судд, или Зюдд (Sudd). Она сформирована многочисленными притоками Белого Нила, называемого здесь Бахр-эль-Абъял, или Бахр-аль-Джабал. Великая река проходит через всю страну с юга, а её многочисленные западные притоки по сути ограничивают пустынные районы.
Южные области страны считаются регионом с одним из самых разнообразных природных сообществ в Центральной Африке, здесь же лежат области, по которым проходит вторая по численности миграция диких животных в мире.
