Хотя Уганда лежит у экватора, климат здесь смягчается значительной высотой над уровнем моря и влиянием больших озер. Средние температуры самого теплого месяца - января - лежат в пределах от +17 С до +24 C, а средние температуры самого холодного месяца — июля — от +16 С до +21 C, но на большой высоте температура может опускаться ниже 0 C. Самые высокие вершины постоянно имеют ледяные шапки. На всей территории Уганды наблюдается два дождливых периода — апрель–май и сентябрь–октябрь, годовое количество осадков — 1000–1200 мм., на побережье озера Виктория — 1500–1600 мм.