Высок риск заражения гепатитом А и Б, желтой лихорадкой и малярией - вакцинация рекомендована. Также необходима вакцинация против желтой лихорадки при въезде в страну из инфицированных областей или территорий с высоким риском заражения тропическими болезнями. Для поездки только на Бали никакой вакцинации не требуется.
Общий уровень преступности в стране довольно невысок, но в туристических районах достаточно часты случаи краж из автомобилей и гостиниц, а также карманные кражи. В последнее время участились выступления исламских фундаменталистов, но это касается, в основном, внутренних и удаленных районов страны. Не рекомендуется к посещению район Западного Тимора, Ириан-Джая и Асе.