Преимущественно субэкваториальный, жаркий и сезонно влажный. На северо-востоке — тропический пустынный и полупустынный. Впадина Афар — одно из самых жарких мест на Земле (средняя минимальная температура +25 C, максимальная +35 C), но на большей части нагорья за счет высоты, смягчающей жару, среднемесячные температуры находятся в пределах от +15 С до +26 C. В горах случаются ночные заморозки. При этом на побережьях самый жаркий месяц — май, самый холодный — январь, а в горах — наоборот: самый прохладный месяц июль, самые жаркие — декабрь и январь.