В стране более 50 национальных парков общей площадью около 800 тыс. га, среди которых всемирно известные парки Босенчев и Кумбрес-де-Монтеррей с горными сосновыми лесами, Ла-Молинче и Пико-де-Орисаба со знаменитыми вулканами, заповедник редких птиц Селестум и др.

В районе Канкуна находятся подводные национальные парки Гаррафон, Контой, Шел-Ха и Чанканаб Лагун , а также "крокодиловый парк" Крокотаун - заповедная зона, где живут и размножаются юкатанские крокодилы, розовые фламинго и множество других видов животных и птиц.