Древняя столица Бутана (до 1955 г.) и зимняя резиденция Чже-Кемпо, Пунакха лежит в восточной части страны, в одноименной долине, образованной рекой Пунакха. Сам город расположен на высоте 1300 м над уровнем моря, что для Бутана почти низина, и имеет мягкий субтропический климат, что делает окружающую долину одним из самых плодородных мест страны.