Япония имеет прекрасно развитую сеть внутренних авиаперелетов, причем одной из причин развития этой сети (несмотря на небольшую территорию страны) является чрезвычайно высокая стоимость железнодорожного сообщения.
Практически каждый крупный японский город имеет свой аэропорт, куда выполняются многочисленные внутренние и международные рейсы. К крупнейшим аэропортам относятся: Ханеда и Нарита в Токио, Фукуока, Осака, Саппоро, Нагоя, Седай, Наха, Хиросима, Кобе и более двух десятков других.
Железные дороги являются основными транспортными артериями страны наряду с морским транспортом. Сеть суперсовременных скоростных поездов связывает большинство городов страны, а также обслуживает большинство внутренних маршрутов в мегаполисах. Они делятся на поезда дальнего следования и местные линии, которые в свою очередь подразделяются на простые экспрессы, "лимитед-экспрессы" и обыкновенные электрички, идущие со всеми остановками.
Метро развито только в крупных городах, но зато охватывает и близлежащие населенные пункты, что выражается в разделении линий на зоны. Поезда ходят с интервалом 5 минут с 5.00 до 23.30-24.00. Система оплаты такая же, как и на железнодорожных линиях, но плата за проезд различная на разных маршрутах в зависимости от зоны - 120 JPY- 1500 JPY. Вагоны выкрашены в разные цвета в зависимости от линии и имеют особые места серого цвета ("silver seats") для стариков и инвалидов, которые лучше не занимать.
При наличии международного водительского удостоверения и обязательной японской страховки (JCI) можно взять автомобиль в аренду, однако это не целесообразно, так как процедура аренды достаточно сложная, а незнание языка и дорожных знаков, плюс постоянные пробки и трудности с парковкой делают вождение автомобиля в Японии довольно затруднительным делом.
Железные дороги являются основными транспортными артериями страны наряду с морским транспортом. Сеть суперсовременных скоростных поездов связывает большинство городов страны, а также обслуживает большинство внутренних маршрутов в мегаполисах. Они делятся на поезда дальнего следования и местные линии, которые в свою очередь подразделяются на простые экспрессы, "лимитед-экспрессы" и обыкновенные электрички, идущие со всеми остановками.