Практически каждый крупный японский город имеет свой аэропорт, куда выполняются многочисленные внутренние и международные рейсы. К крупнейшим аэропортам относятся: Ханеда и Нарита в Токио, Фукуока, Осака, Саппоро, Нагоя, Седай, Наха, Хиросима, Кобе и более двух десятков других.