На севере страны климат умеренный, а на юге - субтропический и тропический муссонный. Лето достаточно жаркое по всей стране - от +30 С на севере до +38 С на юге. Летом выпадает максимальное количество осадков - от 700 мм. на севере, до 1200 - на юге, при этом влажность воздуха очень высока, часты тайфуны. Средняя температура зимой достаточно низкая - от -15 С на Хоккайдо, до - 5 на о. Хонсю и до +16 С на архипелаге Рюкю. При этом выпадает достаточно большое для столь южных широт количество снега.
Лучшее время для посещения островов - весна (время цветения сакуры) и конец сентября - начало октября. В это время температура обычно не опускается ниже 17-20 С, а влажность воздуха несколько ниже (хотя весной часты холодные ветра с материка, а осенью - тайфуны).
Южные области страны считаются регионом с одним из самых разнообразных природных сообществ в Центральной Африке, здесь же лежат области, по которым проходит вторая по численности миграция диких животных в мире.
Южный Судан почти целиком лежит в пределах обширной болотистой области Судд, или Зюдд (Sudd). Она сформирована многочисленными притоками Белого Нила, называемого здесь Бахр-эль-Абъял, или Бахр-аль-Джабал. Великая река проходит через всю страну с юга, а её многочисленные западные притоки по сути ограничивают пустынные районы.
Климат субэкваториальный, достаточно влажный для этого региона. Среднегодовая температура изменяется в незначительных пределах и почти всегда колеблется в районе отметок в +25-28°C, лишь в относительно засушливые периоды диапазон увеличивается на пару градусов за счет ночного минимума.
Годовое количество осадков составляет до 700 мм на севере и до 1400 мм на юго-западе. Засушливый период в регионе длится всего 1 месяц (обычно ноябрь-март), хотя на крайнем юге, в районе столицы, наблюдается еще один минимум осадков (обычно июнь-июль).
Тропический пассатный. Выделяют 4 сезона - два дождливых (май-июнь и сентябрь-ноябрь) и два сухих (июль-август и декабрь-апрель). На побережье практически круглый год температура воздуха колеблется от +24 С до +35 С, в горных районах несколько прохладнее - от +15 С до +27 С. Осадков выпадает 800-5000 мм. в год. Период с мая по октябрь считается наиболее дождливым. С июля по ноябрь на страну обрушиваются тропические ураганы, достигая пика в августе-сентябре.
Государство общей площадью 377,4 тыс. кв.км, находится в Восточной Азии, расположено на 4 крупных островах (Кюсю, Сикоку, Хонсю и Хоккайдо), островах Рюкю и более чем 4 тыс. мелких островов. На севере омывается Охотским морем, на востоке – Тихим океаном, на юге – Тихим океаном и Восточно-Китайским морем, на западе – Корейским проливом и Японским морем.
