Национальные парки Сальвадора невелики и немногочисленны (всего 6% территории страны покрыто естественными экосистемами, и этот процент стремительно сокращается), однако в этих необычных древних массивах охраняется знаменитый центральноамериканский "облачный лес", в котором дубы и деревья лавра вырастают выше 30 метров, а их листья формируют зелёный навес, непроницаемый даже для яркого солнечного света, характерного для тропиков.
Почти всю территорию страны занимают горные районы. С северо-запада на юго-восток тянутся две протяженные горные цепи системы Кордильер. Здесь насчитывается более 25 потухших и действующих вулканов, самые крупные из которых - Сан-Сальвадор (Кетцальтепек, 1943 м), Сан-Висент (Чичонтепек, 2182 м), Санта-Ана (Льяматепек, 2365 м) и Сан-Мигель (Чаппарастик, 2130 м). Средняя высота территории страны - 600 м, высочайшая точка - вулкан Серро-Питаль (2730 м).
