Пуэрто-Рико находится на границе между Карибской и Североамериканской тектоническими плитами, в зоне активных подвижек земной коры, вызванных взаимодействием этих плит. Параллельно северному побережью острова тянется зона желоб Пуэрто-Рико (длина 1070 км, глубина - до 8742 м) - одна из самых глубоких подводных депрессии в Атлантическом океане.