Требуется вакцинация против желтой лихорадки в случае, если путешественник прибыл в течение 6 дней после отъезда или транзита из страны, в которой распространена эта болезнь. От прививки освобождены дети в возрасте до 6 месяцев, а также пассажиры, не покидающие территорию аэропорта как в самом Сальвадоре, так и на территории стран - очагов инфекции.
Множество сальвадорцев страдает от хронического недоедания и болезней, связанных с ним, а также от антисанитарных условий жизни. При этом средняя продолжительность жизни в стране - 70 лет, но очень высока детская смертность. В стране функционирует приблизительно 50 управляемых государством больниц, центров здоровья и клиник с общим количеством мест около 7000 (большинство из них сосредоточено в городах). Медицинские средства довольно ограниченны. Две больницы (столичные Bloom Hospital и Maternity Hospital) являются специализированными институтами по защите материнства и детства.
