Авиакомпания Air Namibia осуществляет полеты между Кейптауном, Йоханнесбургом, Виндхуком, Уолфиш-Бей, Ориндж-Маутом, Рунду, Катима-Мулило, Людерицем, Свакопмундом, Ошакати и Цумеб.
Внутреннее сообщение хорошо налажено. Национальная авиакомпания Air Namibia (www.airnamibia.com.na ) выполняет авиарейсы по всей стране. Базовым аэропортом является Виндхук, а при полетах между второстепенными пунктами необходима пересадка в столице. Регулярные рейсы осуществляются из Виндхука в следующие города: Luderitz (Людериц), Maun (Маун), Mpacha (Мпача), Ondangwa (Ондангва), Oranjemund (Ориндж-Маут), Walvis Bay (Уолфиш-Бей). Вместе с тем авиаперелеты по Намибии довольно дороги в силу отсутствия конкуренции.
В столице два аэропорта - международный аэропорт Кутако (40 км. восточнее Виндхука), куда прибывают самолеты из Йоханнесбурга и Франкфурта, и аэропорт Эрос, обслуживающий региональные и международные рейсы.
