Южный Судан (South Sudan, Джануб ас-Судан) лежит на северо-востоке Центральной Африки, в верховьях Нила. На севере граничит с Судан, на востоке - с Эфиопией, на юге - с Кенией, Угандой и
Климат субэкваториальный, достаточно влажный для этого региона. Среднегодовая температура изменяется в незначительных пределах и почти всегда колеблется в районе отметок в +25-28°C, лишь в относительно засушливые периоды диапазон увеличивается на пару градусов за счет ночного минимума.
Годовое количество осадков составляет до 700 мм на севере и до 1400 мм на юго-западе. Засушливый период в регионе длится всего 1 месяц (обычно ноябрь-март), хотя на крайнем юге, в районе столицы, наблюдается еще один минимум осадков (обычно июнь-июль).
Южный Судан почти целиком лежит в пределах обширной болотистой области Судд, или Зюдд (Sudd). Она сформирована многочисленными притоками Белого Нила, называемого здесь Бахр-эль-Абъял, или Бахр-аль-Джабал. Великая река проходит через всю страну с юга, а её многочисленные западные притоки по сути ограничивают пустынные районы.
Южные области страны считаются регионом с одним из самых разнообразных природных сообществ в Центральной Африке, здесь же лежат области, по которым проходит вторая по численности миграция диких животных в мире.