В проекте конституции страны закреплена свобода вероисповедания.

Официально жители Южного Судана исповедуют христианство (около 43% населения), традиционные анимистические верования (51%) и ислам (6%). Однако на практике местные культы настолько плотно пронизывают всю жизнь общества, что правильнее было бы говорить о полном смешении религий и конфессий.