Рекомендуется профилактика против тифа, холеры, полиомиелита, гепатита B и Е, а также бешенства. Изредка в южных районах фиксируются вспышки сибирской язвы. Риск заражения малярией, исключительно в мягкой форме (P. vivax), существует с июня по сентябрь в некоторых южных и западных регионах страны, главным образом в Баткенской, Ошской и Джелал-Абадской областях, а также в районах, прилегающих к границам с Таджикистаном и Узбекистаном. Свидетельство о проверке на ВИЧ требуется для нахождения в стране сроком более одного месяца.
Страна имеет достаточно развитую сеть общественных больниц и частных здравоохранительных учреждений. В сельских районах развернута разветвленная сеть медпунктов и мобильных клиник, однако их ресурсы явно ограничены. Ощущается некоторый дефицит основных медпрепаратов, одноразовых приборов, анестетиков и антибиотиков, поэтому в случае наличия хронических заболеваний все необходимые препараты, заверенные рецептом с подписью и печатью лечащего врача, следует брать с собой. Первая помощь будет оказана бесплатно, за все последующие обращения к врачу потребуется заплатить наличными.
