Группа из трех бывших Нидерландских Антильских островов находится в Карибском море и разделена на две неравные группы - Бонайре (вместе с Кюрасао входит в состав "островов АВС", как их называют в англоязычных странах) находятся в южной части акватории, в группе Подветренных островов у северных берегов Венесуэлы . Саба и Синт-Эстатиус - на севере, в группе Наветренных островов. Со всех сторон омываются водами Карибского моря.
На островах Бонайре, Саба и Синт-Эстатиус климат тропический морской, пассатный. Большую часть года стоит теплая и комфортная погода с минимальной разницей температур между сезонами. Средняя температура летом (июнь - сентябрь) составляет около +27°С, зимой (декабрь - февраль) - +25°С, при этом суточные перепады температур крайне незначительны - столбик термометра по ночам редко опускается ниже +20°С даже в зимний период.
Топография Бонайре достаточно обычна для южной части карибского региона. Невысокий (до 241 м) остров представляют собой вершину подводных возвышенностей материкового шельфа, обрамляющего южноамериканский континент. Низменное побережье Бонайре к северу медленно повышается, постепенно переходя в холмистую область, окруженную лагунами и заливами национального парка Вашингтон-Слагбаи. Практически вся поверхность острова поросла буйной тропической растительностью (по большей части вторичными лесами), прерываемой лишь поселениями, сельскохозяйственными угодьями и протяженными пляжами.
