Топография Бонайре достаточно обычна для южной части карибского региона. Невысокий (до 241 м) остров представляют собой вершину подводных возвышенностей материкового шельфа, обрамляющего южноамериканский континент. Низменное побережье Бонайре к северу медленно повышается, постепенно переходя в холмистую область, окруженную лагунами и заливами национального парка Вашингтон-Слагбаи. Практически вся поверхность острова поросла буйной тропической растительностью (по большей части вторичными лесами), прерываемой лишь поселениями, сельскохозяйственными угодьями и протяженными пляжами.